Arjonilla, como muchos otros lugares, se vio afectada de la peste a lo largo de los siglos XVI y XVII.  Las consecuencias de la misma fueron muy importantes ya que se produjo un descenso de población por las muertes producidas y un grave deterioro económico. La medicina no tenía un tratamiento específico para esta enfermedad, realizándose fundamentalmente tareas preventivas, siendo la base de ellas el aislamiento.
Como solución a la misma se recurría a la intervención divina. De ahí que el Cabildo de Arjonilla, tras previa deliberación se decidiese por recurrir a San Roque.

En 1589, los caballeros del cabildo acuerdan que se cerque la villa y se coloquen puertas.

A principios de 1600 se tomaron los siguientes acuerdos:

– Que se acabe de cercar las barreras de la villa

– Que se ponga puerta en el corral del concejo

– Que se limpie el pozo Marmolejo por los aguadores

– Que se cerquen y “bareen” todas las calles de esta villa que salen al campo, se pregone en la plaza que ningún mesonero atienda a ninguna persona que venga de fuera.

         – Que solamente queden abiertas las puertas siguientes:
. El camino de Andújar se quede la puerta por donde es costumbre dejarse

             . El camino Porcuna por encima de la casa de Miguel de Aguilar

             . El camino Marmolejo que por que por San Roque por donde se suele cercar

         – Se nombran comisarios para el cierre de las puertas

         – No se vaya a la fiesta de la Virgen de la Cabeza

En 1602, el Cabildo Municipal de Arjonilla en agradecimiento por la remisión de la enfermedad de la peste realiza el Voto a San Roque que consistía en el compromiso de festejar al Santo en su día, con misa y procesión, mantener su ermita y ayuno por parte de los arjonilleros. En 1654  tuvo lugar la aprobación canónica de este voto y su renovación.

Otros acuerdos del Cabildo Municipal en estos años fueron los siguientes:

          9-07-1648 “que esta villa tiene cerradas las calles para la custodia y guarda del mal de la peste y en la puerta del camino Andujar está puesto un porton de doña ynes salcedo viuda vecina desta villa y para que se le pague su valor nombraron a don Felipe serrano de morales alguacil mayor.”

          23-07-1649 “cuadrillas han salido de vigilancia a caballo del termino.”

          10-07-1776 “que todos los bezinos de esta villa dos bezes a la semana tengan obligazion a barrer las calles de esta villa y limpiar los muladares que ai en ella de manera que estén con toda limpieza pena de doze rreales a los bezinos que no lo cumplan que se le demandaran sacar para quebusquen personas que a su costa las barran= y se tenga obligazion a barrer las calles los días savado i miércoles de cada semana o la dicha pena y que se notifique a los mesoneros de esta villa no consientan entrar en sus mesones ninguna persona con rropa…”

         17-07-1678 “se guarde la villa del contagio de la peste…   …se reziban los testimonios que trajeran los forasteros que bienen a esta villa en el sitio junto a la ermita de nuestra Señora de los rreies de esta villa.”

         14-07-1680 “formar para la guarda y custodia del contajio que se padece en la dicha ciudad de Andujar…     …esta villa tenga obligazion de nombrar y poner veinte hombres de satisfacción todos los días en el termino della y en las puertas y lugares mas convenientes para la guarda y custodia del dicho contajio.”

San Roque visita a los apestados. 1549 Jacobo Comin “Tintoretto. Iglesia de San Roque en Venecia.